Yayasan Nala didirikan oleh Tentara Nasional Indonesia Angkatan Laut berdasarkan Akta Pendirian No. 5 tanggal 4 Maret 1987 tentang Pendirian Yayasan Nala di hadapan Notaris R. Soedjono di kota Surabaya dan telah didaftarkan pada Tambahan Berita Negara RI tanggal 8 Juni 2004 Nomor 46.

Pada awal berdirinya, operasional Yayasan Nala diselenggarakan oleh Dewan Yayasan Nala yang terdiri dari:

1. Ketua Dewan Pengurus Yayasan, dijabat oleh Kepala Staf TNI AL.
2. Wakil Ketua Dewan Pengurus, dijabat oleh Deputi Kepala Staf TNI AL.
3. Sekretaris Dewan Pengurus, dijabat oleh Direktur Pendidikan TNI AL.
4. Bendahara Dewan Pengurus, dijabat oleh Kepala Dinas Keuangan TNI AL.
5. Pembantu Umum yang diangkat oleh Ketua Dewan Pengurus Yayasan bilamana perlu.

Pada saat itu, untuk pengelolaan Yayasan sehari-hari dilakukan oleh Pengurus Harian yaitu :

1. Ketua Pengurus Harian, dijabat oleh Gubernur AAL karena jabatannya.
2. Sekretaris Pengurus Harian, diangkat oleh Ketua Dewan Pengurus Harian.
3. Bendahara Pengurus Harian, dijabat oleh Perwira Keuangan Wilayah C Surabaya karena jabatannya.
4. Ketua Bidang Pendidikan dijabat oleh Wakil Komandan Pendidikan TNI AL Surabaya karena jabatannya.
5. Ketua Bidang Usaha Non Pendidikan, dijabat oleh Komandan Pangkalan TNI AL Surabaya dan dibantu oleh 2 orang yaitu Asisten Logistik Pangarmatim dan Komandan Pangkalan Udara Juanda Surabaya karena jabatannya.